臭豆腐中的蛋白质含量高达15%~20%，与肉类相当，同时又含有丰富的钙质。经过微生物的发酵、分解之后，蛋白质被分解为多种氨基酸，而在发酵的过程中，还有酵母等物质，可以起到促进消化、增强食欲的作用。
臭豆腐的饱和脂肪含量很低，而且不含有胆固醇，同时其制作原料大豆中还含有大豆异黄酮，对人体起到很好的保健作用。
有研究报道称臭豆腐中含有植物性乳酸菌，和酸奶中的一样。而且里面含有高浓度的杀菌物质，包括单宁酸、植物碱等，这些物质在人体肠道内有益于人体健康。
豆腐在发酵的过程中，能够合成大量的维生素B12，如果人体缺乏维生素B12的话，就会导致加快大脑老化进程，从而诱发老年痴呆。所以，臭豆腐据说还能预防老年痴呆。
