椰子油中的大部分油脂是饱和脂肪，比猪油和黄油还多，过量的饱和脂肪摄入会导致血液胆固醇升高，血脂血糖异常，此外，过量饱和脂肪摄入还会增加心脑血管疾病和癌症发病危险性。不过由于椰子油中的饱和脂肪是由中链脂肪酸组成的，这种油脂比其他食物的长链脂肪分子小，易被人体消化吸收，因此可以正常食用，但不建议消费者过量食用。

摄入长链饱和脂肪酸的时候，它们会从胃肠道进入淋巴血液循环，然后被组成甘油三酯，磷脂等等化合物，进而被包裹成胆固醇，运到肝脏，进行利用。多余的胆固醇会储存在我们血管里，成了高血脂，从而引起高血压，动脉硬化，中风等现象。还有的胆固醇会储存在我们的心脏，肝脏周围，有可能导致冠心病，脂肪肝出现。