所属范畴不同

保健酒属于“饮料酒”范畴，药酒属于“药”的范畴。

功能作用不同

保健酒主要用于调节生理机能，以保健、养生、健体为目的，药酒主要用于治病，有其特定的医疗作用。

生产管理部门不同

保健酒由食品生产企业生产，由食品部门主管，产品质量不合格可以调整或回收；药酒由药厂生产，由药品管理部门主管，产品质量不合格只能报废。

配方和质量依据不同

药酒的配方要经过严格的审批，要求有内在的有效成份为指标的质量标准；保健酒配方一般不需要审批，很少规定检测其内在功效成份，但第三代保健酒要求有明确的功能因子。

适用人群和对象不同

保健酒对年龄和性别没有特别严格的限制，适用对象包括健康或亚健康人群；药酒有针对性较强的适用人群，使用对象是患者，需要在医生的处方或在专业人士的指导下服用。