上海市第六人民医院始创于1904年，其前身为上海西人隔离医院，是一家历经百余年积淀的大型三级甲等综合医院。2002年成为上海交通大学附属医院。2021年2月原上海市第六人民医院东院整建制正式并入上海市第六人民医院，开启了两院一体化高质量发展的新征程。2022年成为上海交通大学医学院附属第六人民医院。目前，医院设有徐汇、临港两个院区；核定床位2556张（批复床位3426张），其中徐汇院区1956张（批复床位2226张）、临港院区600张（批复床位1200张）；临床医技科室51个。近五年来，医院年门急诊量最高突破530万人次，年出院人次最高达到近18万人次，年住院手术最高超过12万人次。

医院深入贯彻《关于加强公立医院党的建设工作的意见》精神，切实加强党对公立医院的领导，始终坚持公立医院实行党委领导下的院长负责制。连续六届19年蝉联“全国文明单位”荣誉称号，连续18年上海市级医院绩效考核全A，是上海市公立医院高质量发展辅导类试点单位。获批上海市科技成果转化创新改革试点单位、上海市科学技术委员会专业化技术转移示范机构。医院积极贯彻落实国家深化医疗体制改革政策，践行医疗联合体探索与实践，2000年开启上海市第六人民医院医疗集团宏伟征程，实现了集团医院机构能级、医疗服务、学科建设、社会认可“四提升”。医院积极落实国家战略助力健康中国建设，包括分别与福建省人民政府、安徽省人民政府合作共建“大专科、小综合”的上海市第六人民医院福建、安徽医院，建设国家创伤区域医疗中心；夯实“六院-海南”战略合作基础，合作共建海口市骨科与糖尿病医院等。