上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为原上海第二医学院附属医院，2005年上海第二医科大学与上海交通大学合并，更名为上海交通大学医学院附属第九人民医院。2014年11月，经上海市人民政府同意，上海交通大学医学院附属第九人民医院与上海交通大学医学院附属第三人民医院（前身宝钢医院，三级综合性医院）资源整合，统一布局，统一管理。2015年10月，上海市机构编制委员会批复市教委同意上海交通大学医学院附属第三人民医院整建制并入上海交通大学医学院附属第九人民医院。（以下简称“九院”）

九院是经上海市卫生局核准登记的政府主办的非营利性三级甲等综合性医院。医院有南部院区（制造局路639号）、北部院区（漠河路280号）、浦东院区（高科西路1908号）、浦东科教园区（锦尊路115号）和祝桥院区（云亭路99号）。医院承担本市区域基本医疗服务，主要从事急危重症和疑难疾病的救治，是上海市120的定点医院，上海市口腔干部保健医疗定点医院。

九院总占地面积277.9亩，总建筑面积49.9万平方米。总核定床位数2150张，口腔综合椅位1000张。临床科室64个，其中医技科室11个。全院职工5160人。九院拥有5位中国工程院院士：著名整复外科专家张涤生教授、口腔颌面外科专家邱蔚六教授、骨科专家戴尅戎教授、口腔颌面头颈肿瘤专家张志愿教授、眼眶病眼肿瘤专家范先群教授，医院现已成为一所学科特色鲜明、具备一定临床科技创新核心竞争力、国内知名的三级甲等综合性医院。

九院学科建设水平不断发展。是国家口腔医学中心和口腔疾病国家临床医学研究中心依托建设单位，医院有口腔临床医学、整复外科、骨科等3个国家重点学科，口腔基础医学为国家重点培育学科。骨科、口腔颌面外科、牙体牙髓科、牙周病科、口腔修复科、眼科、整复外科、口腔正畸科、口腔黏膜病科、介入科、耳鼻咽喉头颈外科等15个国家临床重点专科；上海市临床重点专科8个；上海市教委IV类“高峰学科”1项；上海市教委“高峰高原学科”建设项目1项。拥有口腔医学、整复外科与组织工程学等3个教育部211工程重点学科；口腔病、整复外科、关节外科等3个上海市临床医学中心；上海市口腔疾病临床医学研究中心、上海市整形与修复重建临床医学研究中心等2个上海市临床医学研究中心；上海市口腔疾病研究中心、上海市眼部疾病研究中心、上海市听觉与耳神经颅底外科研究中心、上海市整形外科研究中心、上海市骨科数字医学研究中心等5个上海市重中之重研究中心。口腔黏膜病科列为国家中医药管理局重点专科、国家中西医协同旗舰科室；血管外科为全国第一批外周血管介入诊疗培训基地；组织工程学、口腔颌面外科学为上海市重点学科（优势学科）、口腔修复和生物材料学为上海市重点学科（特色学科），口腔基础医学、眼科学为上海市重点学科；修复重建外科为上海市“重中之重”临床医学中心；康复医学、急诊与危重病学为上海卫生计生系统重要薄弱学科；中医口腔黏膜病学为上海市中医药新兴交叉学科。眼科、耳鼻喉科学为上海市“重中之重”临床重点学科；内分泌科、麻醉科、泌尿外科为上海交通大学医学院重点学科；医院挂牌中国房颤中心，是上海交通大学血管病诊治中心、疝与腹壁外科疾病诊治中心单位，神经内科是上海市脑卒中预防与救治中心之一。