生物柴油和普通柴油都属于燃料油，它们之间也存在一定的区别：

1、性质不同

生物柴油是生物质能源与传统化石能源的结合，是可再生绿色能源；柴油是化石能源，属于不可再生资源。

2、原料不同

生物柴油主要以菜籽油、大豆油、花生油、玉米油、棉籽油等植物油或鱼油、猪油、牛油、羊油等动物油为原料，废弃油脂或微生物油脂也可作为生物柴油的原料；柴油是轻质石油产品，以原油为原料，经原油蒸馏、催化裂化、热裂化、加氢裂化、石油焦化等过程生产而成。

3、性能不同

生物柴油的热值比石油柴油略低。

4、环保性能不同

生物柴油不仅是绿色能源，而且用作汽车燃料可降低尾气中二氧化碳排放量80％，还可降低SOx、未燃烧的烃、芳烃、致癌物等。

5、价格不同

一般生物柴油的价格相较普通的柴油，价格还要便宜一些。