1、商业性质不同
免税店是经海关总署批准，由经营单位在中华人民共和国国务院或其授权部门批准的营业地点，是向规定的对象销售免税的商品。而专柜则是一般商业性质，指的是个体经营户在符合国家政策法规的情况下，向工商部门申请的有一定经营范围的商店。
2、服务对象不同
免税店主要面向的是因公出国人员、远洋海员、华侨、外籍华侨、港澳台同胞、出国探亲的中国公民及在国内的外国专家等。而专柜则是面向于所有的消费者，不分身份。
3、商品标签不同
免税店一般都有机场包装，内容物大致相同，在成分上没有太大的差别，但是并非所有商品都是如此，有些品牌在免税店、专柜售卖的产品，是存在差别的，主要根据品牌而定。
