九州出版社于1993年正式成立系国务院台湾事务办公室主管、由财政部代表国务院履行出资人职责的中央文化企业。

2009年，九州出版社被新闻出版总署评为国家一级出版社，2010年，由事业单位改制为全民所有制企业。2014年，经全国哲学社会科学规划办公室批准，成为国家社科基金后期资助项目推荐申报出版机构。2018年，九州出版社更名为九州出版社有限公司（简称九州出版社）。

九州出版社以专、精、特、新为特色，三十年来，策划并出版了大批优秀图书，并获批或入选国家重点出版物中长期出版规划、中宣部主题出版物、国家出版基金项目、国家社科基金项目、国家社科基金后期资助项目、国家社科基金中华学术外译项目、国家古籍整理项目、向全国青少年推荐百种优秀图书、农家书屋重点出版物推荐目录。