司法鉴定科学研究院创建于1951年，前身是1932年成立的司法行政部法医研究所。新中国成立后，曾分别隶属于华东军政委员会司法部、最高人民法院华东分院、司法部、公安部，1960年因故撤销。1983年经国家科委批准正式复建司法部司法鉴定科学技术研究所。2017年10月14日，经中央机构编制委员会办公室批准更名为司法鉴定科学研究院，是司法部直属的司局级科研事业单位。

司法鉴定科学研究院执行中央编办、司法部赋予的承担“司法鉴定领域的基础研究、应用研究和高新技术研究；全国重大疑难案件的司法鉴定和技术指导；司法鉴定高端人才的培养培训；国内外学术交流等工作”职能。目前有职工224人，其中党员106人，技术人员占78%，高级技术人员占技术人员总数的60%。仪器装备已达到国际先进水平。

研究院设有法医病理学、法医临床学、法医精神病学、法医物证学、法医毒物化学、微量物证学、文件鉴定学、声像鉴定学、痕迹鉴定学、电子数据鉴定、道路交通事故技术鉴定、环境损害司法鉴定、司法鉴定制度与法规等专业。办有中文核心期刊《中国司法鉴定》和《法医学杂志》，英文期刊Forensic Sciences Research。

科学研究是研究院的基础工作。承担国家科技部、国家自然科学基金委、司法部和上海市科委的科技攻关项目，在系统毒物分析、毛发中毒药物鉴定、有毒动植物鉴定、死亡原因鉴定、伤病关系鉴定、道路交通事故综合鉴定、男性性功能鉴定、听觉视觉功能鉴定、复杂亲缘关系鉴定、文件材料鉴定、声纹鉴定、法医精神病鉴定、司法鉴定管理制度研究等方面处于国内领先地位。

司法鉴定是研究院的主要职能工作。作为司法鉴定的“国家队”，主要承担全国各地公、检、法等机构送检的重大、疑难、复杂、敏感、涉外案件的司法鉴定。同时接受企事业单位、社会团体和个人的委托，对交通事故、民事纠纷、仲裁等活动中所涉及的专门性问题进行技术检验和技术鉴定。现年承担刑事、民事和行政等各类案件的司法鉴定近3万例，在维护国家安全、公民合法权益以及纠正冤假错案、化解纠纷冲突、维护社会稳定和保障司法公正等方面发挥了重要作用。

教育培训是研究院的基本任务。作为全国司法鉴定人继续教育基地与复旦大学、苏州大学、华东政法大学、南方医科大学、四川大学、温州医科大学、中国刑事警察学院、上海工程技术大学、南京医科大学、山西医科大学、内蒙古民族大学、中国药科大学、上海政法学院、上海公安学院联合培养司法鉴定本科、硕士、博士研究生，促进了我国司法鉴定行业的队伍建设和人才储备。

技术指导是研究院的重要职能。作为行业主管部门依托的技术平台，承担司法鉴定领域国家标准和行业技术规范的研制，积极推进司法鉴定技术创新和标准体系建设。自2005年以来，经国家认可委和司法部授权，组织开展年度司法鉴定行业能力验证活动，实施鉴定质量评估，为政府监管提供技术支持，推进鉴定机构的规范化发展。

研究院也是我国司法鉴定领域对外交流与合作的重要平台。根据对应对等原则，多次受命代表中国司法鉴定行业出访美国、英国、荷兰、俄罗斯、乌兹别克斯坦、澳大利亚、德国、南非、韩国、瑞士、比利时、日本等国以及港、澳、台地区，并与上述国家（地区）的司法鉴定官方机构建立了合作关系，创办了两年一届的“司法鉴定理论与实践研讨会”。