1、消毒不严、管理不善的牙签易引起疾病。

2、牙签使用不当，将导致牙周疾病。如果无塞牙现象而乱剔牙或牙签使用不正确就会造成牙龈炎、因为这样会使本来没有间隙的牙齿牙龈萎缩、间隙增大造成牙周病，且影响美观，尤其是对于女同志而言，小孩子应尽量不使用牙签。

3、叼含牙签不慎可能危及生命。如果不小心把牙签吞进肚内，很容易把小肠穿破，生命会受到危害。

4、木制牙签造成木材消耗巨大，据统计，全国每年要消耗超过6000亿支牙签，如果用木材制造需消耗木材160万立方米，相当于203万亩树林；用竹子制造需消耗竹子140万吨，相当于70万亩竹材，韩国、日本等发达国家已全面禁用木制牙签。同时牙签生产过程和使用后也对环境造成污染。

5、牙签是一次性用品，为了节约成本许多牙签生产小工厂会将使用过的牙签回收、清洗再利用，这样滋生的细菌是新牙签的很多倍。长期使用会导致口腔细菌感染，造成人体不适。因此建议，尽量用刷牙或咀嚼口香糖来代替使用牙签的习惯。