1、组成成分不同

桂附地黄丸和金匮肾气丸在药物组成上有一定的区别，其中桂附地黄丸是由熟地黄、山茱萸、山药、牡丹皮、泽泻、茯苓、肉桂、附子等组成，而金匮肾气丸是在六味地黄丸（熟地黄、山茱萸、山药、牡丹皮、茯苓、泽泻）的基础上加上桂枝、附子、牛膝和车前子，比桂附地黄丸多了利水的药物。

2、功效不同

由于药物组成有所差异，导致桂附地黄丸和金匮肾气丸在功效上也有一定的差异。桂附地黄丸中的药物多为温热性质的补阳药材，单纯具有温补肾阳的功效，而金匮肾气丸除了具有温补肾阳的功效外，还具有一定的化气利水的作用。

3、适应症不同

桂附地黄丸能够起到温补肾阳的作用，在临床上多用于寒象比较明显的肾阳不足证，比如四肢发冷、小便频数、腰膝酸软等，而金匮肾气丸主要用于治疗腰膝酸冷、肾虚水肿、小便不利、畏寒肢冷等病症。