1、镇吐：药理实验证明，藿香正气水有镇吐作用。
2、镇痛：藿香正气水对醋酸刺激性疼痛反应（扭体法）有明显镇痛作用。
3、解痉：藿香正气丸（水）对兔离体十二指肠有明显的抑制作用，并能对抗拟胆碱药所引起的肠痉挛；对拟胆碱药引起的狗及兔在体肠痉挛有明显的抑制作用。能对抗水杨酸毒扁豆碱引起的肠痉挛，其效果与阿托品对肠痉挛的作用相似。对离体肠平滑肌的自发活动有抑制作用，又能对抗氯化钡引起的肠痉挛，故对肠管平滑肌尚有直接抑制作用。藿香正气水对离体豚鼠、兔十二指肠的自动收缩及对组胺、乙酰胆碱、氯化钡所致的回肠收缩均有良好的解痉作用，并可对抗垂体后叶素引起的小鼠子宫收缩。
4、增强细胞免疫功能：用硫酸镁致腹泻的小鼠，经用藿香正气丸治疗，其外周血淋巴细胞渗入3H-TdR（氚标的胸腺嘧啶核苷）指数增高，而对照组比正常组（不致泻）低，给药组则接近正常组水平。揭示藿香正气丸能提高小鼠免疫功能，并能促进受损伤的肠段修复。
5、抗菌：藿香正气水对藤黄八叠球菌等8种细菌均有抗菌作用，尤其对藤黄八叠球菌、金黄色葡萄球菌作用较强。并对甲、乙型副伤寒杆菌、红色毛癣菌、石膏样毛癣菌、絮状光皮癣菌、大脑状毛癣菌、石膏样小胞子菌、白色念珠菌、新生隐球菌及皮尖芽生菌均有较强的抑制作用。
