1、水煮奶瓶消毒器
属于传统的消毒方法，其原理是将水煮沸到100℃，通过高温来消毒奶瓶。这种消毒方法适宜消毒耐高温120℃以上的器皿。配备的奶瓶盛放篮，可盛放6只左右的奶瓶。
2、蒸汽奶瓶消毒器
采用100℃的高温蒸汽消毒，是使用最广泛，消毒效果最彻底、有效的方法，国家餐具消毒标准采纳了这种方法。这类消毒器对于待消毒器具的结构、透光性没有苛刻的要求，尤为适合消毒小孩的奶瓶、餐具。此外，高温水蒸气可以把奶瓶中洗不净的奶垢溶解、脱落。此类消毒器通常具有水干自动关机功能，由于需要加热的水只需100ml左右，所以比较省水、省电。
3、烘干奶瓶消毒器
采用蒸汽消毒法消毒完的奶瓶，奶瓶壁会附上大量水珠，潮湿的环境容易造成细菌繁殖，为了提高奶瓶的保洁时间，这类产品在普通蒸汽奶瓶消毒器的基础上增加了烘干功能，也就是常说的带烘干功能的奶瓶消毒器。
4、微波炉奶瓶消毒器
实质是一个盛放奶瓶的塑料器具，本身并不具有消毒功能，也称奶瓶消毒盒。其工作原理是用微波炉发出的微波，加热奶瓶消毒盒内的水，使其成为高温蒸汽，消毒奶瓶消毒盒内的奶瓶。这类消毒器适用于高度低于10CM的奶瓶及非金属材质的餐具。微波炉消毒器厂家一般会将奶瓶和消毒器一起出售。
5、紫外线奶瓶消毒器
不会产生环境荷尔蒙，采用了最安全的杀菌方法，不用担心会因环境荷尔蒙危害到宝宝健康，能够将宝宝奶瓶最简便、最快捷而又最准确地进行杀菌。但紫外线穿透力弱，光线盲区无法保证消毒效果。
