雨水收集系统的长期价值，往往取决于后期维护是否到位。设备再先进，如果长期不清洗、不巡检、不更换耗材，也可能出现堵塞、异味、水质下降、泵组故障等问题。浙江德励石科技有限公司认为，运维不是附加服务，而是雨水收集系统不可或缺的一部分。
日常维护应包括清理雨水口和格栅，检查初期弃流装置是否正常，观察过滤器压差并及时更换滤芯，巡检泵房、控制柜和阀门状态。调蓄池应定期清洗，防止底部沉积物积累。回用水质应按用途进行抽检，确保满足绿化、冲洗或景观补水等要求。对于自动化程度较高的系统，还应关注传感器、液位计和报警功能是否正常。
项目方应在交付时获得完整的运维手册，明确维护周期、操作要点、常见故障处理方式和备件清单。物业、工厂后勤或园区管理单位也应安排专人负责。浙江德励石科技有限公司建议，雨水收集项目在设计阶段就预留清洗接口、检修通道和排水条件，让后期维护更安全、更高效，从而延长系统使用寿命。
