主要成分不同：健脾丸主要成分为党参、白术（炒）、陈皮、枳实(炒)、山楂(炒)、麦芽(炒)。归脾丸主要成分为党参、白术(炒)、黄芪(炙)、茯苓、远志(制)、酸枣仁(炒)、龙眼肉、当归、木香、大枣(去核)、甘草(炙)。

功能主治不同：健脾丸重健脾开胃，具补气健脾，理气消食之功效。归脾丸重补脾，具益气补血，健脾养心之功效。

禁忌人群不同：健脾丸：有高血压、心脏病、肝病、糖尿病、肾病等慢性病严重者，以及儿童、孕妇、哺乳期妇女、年老体弱者应在医师指导下服用。归脾丸：外感或实热内盛者不宜服用。