一、按微生物种类分类

乳酸菌类

常见有嗜酸乳杆菌、双歧杆菌、干酪乳杆菌等。它们主要作用于肠道，可产乳酸调节肠道酸碱，抑制有害菌，平衡菌群。在畜禽养殖里能助动物消化，水产养殖中可维护水生生物肠道健康，也用于人类肠道保健产品。

芽孢杆菌类

包含枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、蜡样芽孢杆菌等。芽孢杆菌抗逆性强，能分泌蛋白酶、淀粉酶等。农业上可促土壤有机物分解，增肥效；水产养殖时分解水体污染物，净化水质，还能抑制动植物病原菌。

酵母菌类

主要有酿酒酵母、产朊假丝酵母、热带假丝酵母等。富含营养，可提升饲料品质。农业种植中，其发酵液作生物肥，刺激植物根系；畜禽养殖里，能增强动物抗病力，提高生产性能。

光合细菌类

像沼泽红假单胞菌、球形红杆菌、荚膜红细菌较为常见。利用光能代谢，能分解水体有机物，吸收氨氮等。水产养殖投放后，改善水体生态，为水生动物营造优良环境。

放线菌类

链霉菌是常见放线菌种类。放线菌能产生多种抗生素，如链霉素、红霉素，具有抑制或杀灭病原菌的作用。农业用于防治植物病害，减少化学农药依赖。

二、按应用领域分类

农业种植领域微生态制剂

包括固氮菌剂、解磷菌剂、解钾菌剂等。固氮菌能将空气中的氮气转化为植物可利用的氮素，解磷菌可将土壤中难溶性的磷转化为有效磷，解钾菌可分解土壤中的钾矿，释放出钾元素。例如，在小麦种植中施用固氮菌剂，可增加土壤中的氮素含量，提高小麦的蛋白质含量和产量，同时改善土壤肥力。

水产养殖领域微生态制剂

有水质改良剂、疾病防治剂等。水质改良剂如芽孢杆菌制剂、光合细菌制剂等，可调节水质，改善水体环境；疾病防治剂如乳酸菌制剂、噬菌体制剂等，可增强水生动物的免疫力，预防和治疗疾病。在对虾养殖中，定期使用水质改良剂可维持水体的稳定，减少对虾疾病的发生，提高对虾的成活率和产量。

畜禽养殖领域微生态制剂

涵盖饲料添加剂、肠道调节剂等。饲料添加剂如酵母菌制剂、益生菌制剂等，可提高饲料的营养价值和适口性，促进畜禽生长；肠道调节剂如乳酸菌制剂、双歧杆菌制剂等，可调节畜禽肠道菌群平衡，预防肠道疾病。在养猪生产中，在饲料中添加酵母菌制剂，可提高猪的采食量和日增重，降低料肉比，同时改善猪肉的品质。