1、笔头不同

水彩笔的笔头一般是圆形的，而马克笔的笔头有细头、软头和粗头三种。

2、种类不同

水彩笔可以分为单色水彩笔、双色水彩笔和多色水彩笔三种，主要是从色彩角度来进行区分，而马克笔主要是分为油性马克笔和水性马克笔两种，是从马克笔的性能进行区分的。

3、用途不同

水彩笔多用来勾勒线条或是画儿童画使用，很少作为专业绘画工具使用。马克笔可以用来绘画建筑效果图、工业设计效果图、广告图等，专业性更强。

4、价格不同

同一品牌，相同规格下的马克笔和水彩笔比起来，马克笔价格要更贵。

5、绘画效果不同

水彩笔画出来的画作色彩比较粗糙，着色也不够均匀，而马克笔的色彩过渡就比较自然，还能通过专业的马克笔画画技巧来展示色彩的过渡和光影变化。