1、发电效率高
燃料电池是把燃料的化学能直接转化为电能的一种发电装置，所以它不受卡诺循环限制，从理论上来说，燃料电池的发电效率能够达到85%-90%，在实现热电联供的前提下，燃料的总利用率能够达到80%以上。
2、环境污染小
燃料电池的排出物是水，对环境的污染比较小。而且，由于燃料电池是化学能反应，所以二氧化碳的排放量要比热机过程减少40%以上，对大气的污染也比较小。最重要的是，燃料电池的结构很简单，所以运动部件少，在工作时产生的噪声很低，对人类生活影响也很小。
3、比能量高
燃料电池的比能量很高，液氢燃料电池的比能量是镍镉电池的800倍，直接甲醇燃料电池的比能量比锂离子电池高10倍以上，能量转换比大。
4、燃料范围广
燃料电池可使用的燃料范围很广，只要是含有氢原子的物质从理论上来说都是可以作为燃料使用的，像天然气、沼气、酒精等都能作为燃料电池的燃料来使用，符合能源多样化的需求。
