1、化学性质不同

有机硅防水剂是一种有机硅高分子聚合物，分子链中含有大量的有机基团，具有优异的耐候性、耐高温性、耐腐蚀性和耐化学品性，在防水领域表现出优异的防水效果。

无机硅防水剂则是以水玻璃为主要原料制成，不含有机基团，具有一定的耐用性和耐候性，但在化学环境和高温条件下的稳定性较差。

2、防水原理不同

有机硅防水剂的防水原理是利用其分子链中的有机基团与基底物质产生亲和作用，形成亲水亲油的表面，从而形成一层防水保护层。

无机硅防水剂则是通过与基底物质中的Ca2 或Mg2 等金属离子反应，在基底物质表面生成SiO2凝胶层，形成化学反应防水层。

3、适用范围不同

有机硅防水剂适用于建筑领域中的屋面防水、地下室防水、隧道防水、桥梁防水、公路防水等。无机硅防水剂适用于建筑领域中的外墙防水、室内防水、池塘防水、沟渠防水、地下建筑防水等。由于有机硅防水剂具有优秀的耐温、耐腐蚀和耐化学性等特点，因此在工业领域也被广泛应用于废水污水处理、石油化工等重要领域的防水。