1、农学食粮：人口快速膨胀，食粮问题正是生物技术应用的切入点
在基因克隆农作物的开发下，除了克隆进入抗虫害基因、抗冻基因外，例如含有维生素A的稻米也问世。在有限耕地下，克隆农作物解决了品质上的问题。除此之外，观赏用的花卉等，也靠著组织培养的技术，将高品质的花卉复制生产，提高花卉价值。著名的像是台湾的蝴蝶兰。另外，经过遗传工程技术，能产生凝血因子的乳牛也提供医疗用途。生物肥料主要利用微生物技术制作的肥料种类。生物肥料不仅给作物提供养料、改善品质、增强抗寒抗虫害能力、还改善土壤通透性、保水性、酸碱度等理性化特性，可为作物根系创造良好生长环境，从而保证作物的增产。生物农药（biopesticide）利用微生物、抗生素和基因工程等产生有杀灭虫病效果的毒素物质，生产出广谱毒力强的微生物菌株制作而成的农药。
2、医疗领域：在这方面的研究受到极大的注目
像是干细胞应用于再生医学领域，如人工脏器、神经修复等。或是以蛋白质结构解析数据，对于功能性区域（domain）来开发相对应的抑制剂（如：酵素抑制剂）。利用微阵列核酸芯片，或是蛋白质芯片，寻找致病基因。
或是利用抗体技术，将毒素送入具有特殊标记的癌细胞。或利用基因克隆技术，进行基因治疗等。基因治疗（gene therapy）利用分子生物学方法将目的基因导入患者体内，使之表达目的基因产物，从而使疾病得到治疗，为现代医学和分子生物学相结合而诞生的新技术。基因治疗作为新疾病治疗的新手段，给一些难治疾病的根治带来了光明。
3、军事科技：基因工程武器简称基因武器
例子有：插入眼镜蛇毒液基因的流感病毒和含有炭疽病毒的大肠杆菌。
4、工业应用：在工业上，利用工业菌种的特殊代谢路径，来替代一些化学反应
除了专一性提高，也在常温常压下，节约能源。也由于专一性高，产生的废弃物量低，也因此被称为绿色工业。
5、环境保护：当环境受到破坏，可以利用生物技术的处理方式，让环境免于第二次受害
生物具有高度专一性，能针对特殊的污染源进行排除。例如运输原油的邮轮，因事故，将重油污染海域，而利用分解重油的特殊微生物菌株，对于重油进行分解，代谢成环境可以接受的短练脂肪酸等，排解污染。此外，土壤遭受重金属污染，亦可利用特定植物吸收污染源。
