1.科学性原则
水产饲料配方包含了水产动物营养、饲料、原料特性与分析、质量控制等先进知识。饲料配方中各项营养指标必须建立在科学标准的基础之上，满足水产动物对各种营养成分的需要，指标之问具备合理的比例关系，生产出的饲料要具有良好的适口性和利崩效率。而饲料的适口性直接影响水产动物的摄食量。
2.经济性和市场性原则
在水产养殖生产中，饲料的费用约占整个成本的70%～80%，所以在配合饲料时，要因地制宜，就地取材，精打细算，巧用饲料原料，降低成本。遵循经济、实用的原则。生产中采用高投入高产出或低投入低产出的饲养策略，主要取决于市场。
3.安全性和合法性原则
配方设计必须遵守国家有关饲料生产的法律法规，如《饲料和饲料添加剂管理条例》、《中华人民共和国兽药管理条例》、等。尽量使用绿色饲料添加剂如复合酶、酸化剂、益生索、寡聚糖、中草药制剂等，提高饲料产品的内在质量，使产品安全、无毒、无残留、无污染，符合营养指标、感观指标和卫生指标。
