2022年10月，新疆自治区开展了“十四五”期间首批产业技术体系专家遴选工作，设置了首批产业技术体系。棉花产业技术体系作为8个产业技术体系之一，旨在聚焦自治区农业农村现代化发展需要，通过建立新型农业科研组织模式，打造一支现代农业科技创新团队，及时发现和解决制约农业产业高质量发展的关键问题，促进农业产业现代化和乡村振兴。2023年3月22日，新疆自治区棉花产业技术体系在新疆农业大学启动。